El Fideicomiso Museo del Estanquillo es una Entidad creada por el Gobierno de la Ciudad de México y sectorizado a la Secretaría de Cultura, cuyo órgano de Gobierno esta conformado por la Jefatura de Gobierno, la Secretaría de Administración y Finanzas, la Secretaría de Inclusión y Bienestar Social, la Asociación Cultural “El Estanquillo”, la Fundación del Centro Histórico A.C. y la Universidad Nacional Autónoma de México.